Run In Tray muda a configuração dos programas para serem executados na bandeja do sistema . O código do programa não é alterado, da-se a ordem de passado um tempo, normalmente segundo, a escolha do usuário, o programa não é visto na barra de tarefas, nem na tela . Dessa maneira seguirá operando, mas desde a bandeja de sistema . Em geral, essa opção resulta mais cômodsa .