ImageJ é um software Java, de domínio público, para processamento de imagens desenvolvido no National Institutes of Health. Este programa pode exibir, editar, analisar, processar, salvar e imprimir imagens de 8 bits, 16 bits e 32 bits. O programa pode ler diversos formatos de imagem como TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS e suporta tratamento em lote. Ele é capaz de calcular áreas e estatísticas, valores em pixel com as seleções definidas pelo usuário. Pode-se, ainda, medir distâncias e ângulos, produzir histogramas de densidade e gráficos de perfis. Ele suporta ajustes como contraste, nitidez, detecção de bordas e filtros.