Bom, a maior diferença é que, o e-mail, é uma carta on line, que não precisa de leitura imediata, normalmente não é de carater urgente, logo você pode lê-la independente do dia em que foi enviada e pode guarda-la de acordo com o seu provedor de e-mail.
Já, o msn, funciona como se você estivesse coversando com a pessoa na hora, como se ela estivesse na sua frente. Geralmente é utilizada para em carater de urgência.................